가축을 키우는 과정에서 발생하는 분뇨와 이로 인한 악취는 오랫동안 지속돼 온 축산업의 고질적인 문제다. 
농식품부에 따르면 가축사육으로 인한 악취 민원은 매년 늘어나고 있다. 2013년 2604건이던 민원은 2018년 6718건으로 5년 만에 2.5배 증가했다. 이로 인해 축산업에 대한 부정적 인식이 확산되고, 지자체별로 가축사육제한구역이 확대되고 있다. 
가축분뇨법 제8조 제1항은 지역 주민의 생활환경보전 또는 상수원의 수질보전을 위해 일정한 지역 중 가축사육의 제한이 필요하다고 인정되는 지역을 조례로 가축사육제한구역으로 지정·고시함으로써 가축의 사육을 제한할 수 있도록 한 규정이다. 
그 입법 취지상 지역 주민의 생활환경 또는 상수원의 수질에 부정적인 영향을 미칠 수 있는 배출시설은 제한대상이 될 수 있지만 이와 달리 지역주민의 생활환경 또는 상수원의 수질에 긍정적인 영향을 미칠 수 있는 처리시설은 제한 대상이 될 수 없다고 전문가들은 말한다.  
그런데 일부 지자체에서 배출시설에만 적용돼야할 관련 지방 조례로 퇴비사와 같은 처리시설의 증·개축을 제한하고 있어 축산인들이 퇴비사를 개조하거나 개선하는 데 걸림돌이 되고 있다. 실제로 다수의 양축농가들은 퇴비 부숙도 검사 의무화 제도와 관련해 퇴비사 공간 확보가 현실적으로 불가능하다며 어려움을 호소하고 있다.    
여러 지자체에서 위임(가축분뇨법에서는 제8조를 통해 지자체가 조례로 가축 사육을 제한 할 수 있는 사항을 위임) 한계를 넘어선 가축 사육 제한 조례를 만들고 있는 것이다. 
환경부는 이러한 문제점을 인식하고 무허가 축사 개선 세부실시요령에서 ‘가축사육제한구역 내에서 가축 분뇨처리시설의 신축, 증축, 개축이 제한되는지’에 대한 질의에 대해 ‘가축 사육제한구역 내에서는 배출시설(축사)만 제한되며, 가축 분뇨처리시설은 신축, 증축, 개축이 가능’하다는 입장을 밝힌 바 있다.
따라서 퇴비사와 같은 처리시설의 증·개축을 제한하는 지자체의 불합리한 조례를 일괄 조정해 퇴비사를 개조하거나 개선하고자 하는 축산농가가 어려움을 겪지 않도록 해야 한다.
가축분뇨자원화 표준설계도에 따라 2008년도에 제시된 퇴비사의 유효 높이 및 용량이 퇴비 부숙도 기준을 충족시킬 수 있을 만큼 충분한 퇴비화를 유도하기에는 적합하지 않다는 지적도 있다. 축종별 축사 규모에 따라 퇴비사의 측벽높이, 폭, 길이 기준을 재검토할 필요가 있다는 것이다.
즉 건축법에 따른 건폐율이나 다른 법률에 따른 입지제한 등을 위반하지 않는다면 처리시설 용적 및 규모 등에 대해 제한을 두지 않아야 한다.
동일 축사 내에서는 처리시설 위치 변경 및 구조개선을 허용해야 한다는 주장도 제기되고 있다.
이와 관련 경북의 한 양축농가는 동일 필지 내에서 건폐율을 위반하지 않는 조건에서 퇴비사의 위치를 변경하고자 했지만 지자체 담당부서에서 이를 불허해 퇴비사의 위치를 변경하지 못해 걱정이 이만저만이 아니다. 인근에 퇴비사 부지를 확보하는 것은 불가능하기 때문이다. 
동일 건축물 또는 필지 내에서 건축법에 따른 건폐율 등을 위반하지 않는 조건에서의 퇴비사의 위치변경 및 구조개선은 현재의 축사를 효율적으로 이용함으로써 양축농가의 부담을 덜 수 있는 현실적인 방안이다. 민원발생 등 특별한 사유가 없는 한 이를 허용해야 한다.