닭에서 발생하는 콕시듐증을 관리하기 위한 방법에는 위생 관리, 항콕시듐제 사용, 백신 접종 등의 세 가지가 주로 사용된다. 위생 관리는 농장 관리의 가장 기본이 되는 사항이다. 이어 농장에서 가장 흔히 콕시듐증 관리를 위해서 사용되는 방법은 항콕시듐제의 투약이다. 
이는 상대적으로 낮은 비용과 사료 첨가 또는 음수 희석의 방법을 이용한 투약의 편리성 등의 장점들이 있기 때문이다. 이러한 이유로 인해 다른 방법보다 항콕시듐제를 이용하는 방법이 널리 활용되어 왔지만, 지나치게 항콕시듐제에 의존한 나머지 다양한 문제가 대두됐다. 
가장 큰 문제는 약제 잔류로 인한 공중보건학적인 문제와 함께 콕시듐 원충의 항콕시듐제에 대한 내성이 증가해 콕시듐증의 관리가 어려워지는 것이 또 하나이다.
이로 인해 최근에는 콕시듐증의 관리 방법으로 백신을 사용하는 것이 각광을 받고 있다. 백신 접종은 주로 육용 종계와 산란계 등 사육 기간이 상대적으로 긴 닭에서 주로 이뤄진다. 하지만 실제 외국의 예들에서 항콕시듐제를 사용해 콕시듐증을 관리하는 육계 농장들에서 약제 내성으로 인해 더 이상 콕시듐증을 효율적으로 관리하지 못하게 되는 경우에서도 백신의 일시적인 사용으로 약제 내성을 관리하는 사례가 보고되고 있다.
닭 콕시듐증 백신은 생원충 백신으로 세포성 면역의 자극이 중요하며, 제대로 면역이 확보되려면 백신주 원충의 생활사가 2회 차가 지나가야 한다고 전문가들은 말한다. 
또한 닭 콕시듐증 백신은 크게 약독화 백신과 비약독화 백신으로 구분되는데, 비약독화 백신은 콕시듐증 관리 초기부터 사용하던 형태로 야외주와 유사한 병원성을 가지고 있어 정확한 투여를 하지 못하거나 관리를 제대로 하지 못하면 백신으로 인한 콕시듐증이 발생할 수 있으며, 백신 부작용이 주로 발발하는 시기인 10-15일령에 항콕시듐제를 사용하게 되면 콕시듐증에 대한 효과적인 면역을 획득하기 힘들게 된다.
최근 출시된 히프라의 닭 콕시듐증 약독화 생백신인 ‘에발론’(EVALON)은 기존의 비약독화 백신의 단점을 해결하는 백신으로, 세포성 면역을 극대화하는 면역증강제(히프라뮨 T)와 함께 제공되어 면역 지속기간이 60주 이상인 이상적인 백신이다. 
백신을 구성하는 원충 역시 종계 및 산란계에서 문제시되는 모든 원충(E. acervulina, E. maxima, E. tenella, E. brunetti, E. necatrix)이 포함됐으며, 각각의 백신주는 백신 후보주를 콕시듐증에 감염된 적이 없는 닭에 연속적으로 계대 접종해 무성생식기의 단계가 적은, 다시 말해 조숙성(precocity)을 높이는 약독화 과정을 통해 선발한 백신주다. 
이러한 복잡한 과정을 통해 선발된 백신주 덕분에 히프라 에발론은 장 세포에 가장 많은 피해를 입히는 무성생식기의 단계를 줄여 면역 획득기간이 짧을 뿐만 아니라, 장 세포의 조직 손상도 최소화한 안전한 백신이다.