구제역 감염항체(NSP) 검출농장 반경 500m 내에서 NSP가 추가로 검출되면 반경 3km 또는 시군 전체에 대해 방역관리(이동제한·백신접종 등)를 강화한다. 긴급한 경우 가축방역심의를 거치지 않고 농식품부 장관이 ‘일시이동중지’ 명령을 발령할 수 있다.
농림축산식품부는 지자체 등 관계기관의 의견수렴을 거쳐 이 같은 내용의 ‘구제역 긴급행동지침(SOP)’을 개정했다고 밝혔다.
SOP 개정 내용을 살펴보면 우선, 구제역 감염항체(NSP)가 검출될 경우 바이러스 오염 여부 확인을 위해 인근 500m 이내 위치한 농장을 검사한다. 이 과정에서 NSP 항체가 추가로 확인될 경우 반경 3km 또는 시군 전체로 방역관리를 대폭 강화한다. 방역관리 품목은 이동제한·소독·검사·백신접종 등이다. 
가축질병 위기단계 발령시 해석에 혼란이 없도록 발령요령을 명확히 했다. ‘경계’ 단계 발령의 경우 백신 접종유형 구제역이 인접 또는 ‘타지역 전파시’를 ‘타시도 전파시’로, 심각 단계 발령의 경우 백신 접종유형 구제역이 여러 ‘지역에서 발생을’, ‘시도에서 발생을’로 수정했다.
농림축산검역본부는 매년 특별방역 대책 기간이 시작되기 전에 지역별 가축이동이나 축산차량 이동정보를 종합 분석해 ‘방역권역’을 설정한다. 이는 구제역 발생 시 신속한 대응을 위한 준비다. 방역권역은 전국을 시도 또는 시군구로 구분하지 않고 가축의 사육밀도, 사료공급, 종축이동, 도축장 이용 현황 등 역학 사항을 고려해 몇 개의 광역단위로 구분한다.
구제역 추가 발생 시 가축이나 축산차량의 이동을 일정 기간 제한하는 ‘일시이동중지(Standstill)’ 명령을 지금까지 가축방역심의회를 거쳐 발령(최초 발생시는 제외) 해왔다. 앞으로는 긴급을 필요로 할 때는 농식품부 장관이 심의회를 거치지 않고도 발령할 수 있다. 긴급을 필요로 하는 경우란 ▲여러 지역에서 동시 발생 ▲대단위 밀집 사육단지 발생 ▲타 시도 신규 발생 등이다.
구제역 발생 시 통제초소 및 거점소독시설의 효과적인 운영을 위해 근무자에 대한 교육을 강화한다. 현재는 근무자 스스로 근무요령을 숙지하도록 했다. 앞으로는 시장·군수가 근무자에게 구체적인 근무요령(소독기 사용요령, 소독제 희석방법 등)을 1시간 이상 교육해야 한다.