2013년 식품의약품안전처가 출범하면서 농식품의 안전 관리를 총괄하고 있다. 다만 축산물의 경우 식약처는 주로 유통·판매단계의 식육포장 및 판매와 관련된 미생물 검사 업무를 직접 집행하고, 생산단계 관리 업무는 농림축산식품부와 협력해 진행한다.
구체적으로 농장, 도축장, 집유장 등의 생산단계 축산물 안전관리는 농림축산식품부에서 업무 위탁 형식으로 담당하고 있다.
농림축산식품부와 각 시·도는 매년 생산단계 안전성 검사 계획을 수립하고 이를 식약처에 제출한다.
이러한 이원적 관리체계에서 발생하는 부작용에 대해 지속적으로 문제가 제기되고 있지만 아직까지 마땅한 정책 변화는 없다.
기술진보가 이어지면서 각종 신종 유해물질이 늘어나고 있지만 이에 신속하게 대응할 수 있는 관리 체계는 미흡하다.
특히 각 지자체 수준에서 신종 유해물질을 발견하거나 검사하는 것은 역부족이다. 또한 검사 체계에서 동물약품이나 농약 등 각종 약물사용 기준을 위반한 사례가 적발되어도 처벌할 수 있는 규정이 미흡하다. 따라서 이와 관련된 관리체계와 안전관리 강화가 필요하다.
한편 우리나라의 친환경 축산인증제도는 유기축산과 무항생제축산인증으로 구성돼 있다. 2017년 8월 무항생제 인증 계란에서 살충제 성분이 검출돼 친환경 축산물에 대한 전반적인 관리 개선의 필요성이 대두됐다.
이에 따라 현행 무항생제축산인증제도 개편이 필요한데, 개편 결과에 따라 정부 인증을 받는 친환경 축산물은 유기축산물로 국한돼 친환경 축산물 시장의 급격한 감소가 예상되고 있다.
이러한 문제점 해결을 위해 축산업에서 친환경적인 요소를 발굴하는 등 친환경 축산에 대한 기준을 재설정해 축산업에 도입할 필요가 있다.
특히 친환경농업육성법에 근거해 이뤄지고 있는 친환경축산인증 제도가 효과적으로 추진되기 위해서는 축산관련법령체계 내에서 다뤄져야 한다. 
아울러 지금까지 국내 축산업계에 가장 큰 영향을 준 가축질병은 고병원성 AI와 구제역이다. 구제역은 예방적 살처분 정책 및 소와 돼지 전체에 백신을 접종해 추가적인 질병 발생을 통제하고 있다.
고병원성 AI는 백신 접종 대신 예방적 살처분과 함께 지자체별로 ‘가축 사육 제한’ 명령을 통해 지자체 관할 위험지역(중점방역관리지구)에 위치한 농장 중 발생 위험이 높은 농가를 대상으로 육용오리 입식을 제한하고 있다.
고병원성 AI 방역대책으로서 오리 등 가축 사육제한은 상당히 강력한 조치이지만 문제해결을 위한 근본적인 대책은 될 수 없다.
집중 방역기간이 아닌 시기에도 질병이 발생할 수 있기 때문에 근본적인 질병 방역 대책이 되기 위해서는 농장 및 주요 축산시설에 대한 철저한 소독과 차단방역이 중요하다.
효과적인 가축질병 방역을 위해서는 현재와 같이 법령에 축산시설에서의 방역 시설 설치의무만 명시하는 것이 아니라 시설에 대한 관리 및 보수·유지 의무를 함께 부여해 제도 운용의 효과를 높여야 한다.
또한 가축사육단계 위생 수준에 대한 관리기준을 법령에 보다 구체적으로 명시하고 규정준수를 의무화하는 등의 강력한 실천 유도가 필요하다.
이러한 정책 노력 배경에는 규정 준수를 위한 농가의 자발적인 참여와 실천이 있어야 한다.
그래야만 안전하고 우수한 축산물 공급을 통한 ‘더 건강한 축산업’에 한 걸음 더 다가설 수 있다.