오염원에 대한 문제로는 앞에 언급한 호르몬, 항생제 외에도 1990년대 교역이 활발해지면서 외국에서 수입된 식품 원료에 곰팡이 독소가 오염되거나 식품 내 곰팡이 독소 오염 문제가 야기됐다.
1997년 이후엔 지속적으로 관심의 대상이 되고 있는 식중독균 오염과 2017년 영국에서 E형 간염환자가 급증해 알게 된 간염바이러스가 있다.

★ 곰팡이 독소
곰팡이 독소는 누룩곰팡이, 푸른 곰팡이, 푸사리움 속 중 유해 곰팡이 등에 의해서 생성되는 2차 대사산물이다. 포유동물인 인간과 동물에 유해한 작용을 나타내는 유독물질을 총칭한다.
곰팡이 독소 중 아플라톡신은 B1, B2, G1, G2로 분류되는 데, B1 아플라톡신이 가장 독성이 강하고 모든 동물에 중증의 간독성을 일으킨다. 세계보건기구WHO의 국제 암 연구기관IARC에서 1그룹의 발암물질로 분류되고 있다.
국내 배합사료 내에 오염된 아플라톡신은 국내 허용기준(10ppb)보다 적지만, 현재 아플라톡신과 오크라톡신A에 대한 규제만 진행되고 있어 미국이나 유럽과 같이 곰팡이 독소에 대한 기준 규격과 허용량의 범위를 넓게 재설정할 필요가 있다. 
식약처, 농식품부, 환경부 외 해당부처들이 업무 분장을 설정해 통일화되고 지속적인 관리가 필요하다. 농식품부로의 일원화가 절대적으로 필요한 실정이다.

★ 식중독균 오염
1997년 미국산 수입 소고기와 소지시에 대장균 및 리스테리아 균과 같은 식중독균이 오염되어 있던 사건을 시작으로, 식품 내 식중독균 오염으로 인해 식중독이 지속적으로 발생돼 소비자들에게 식품 안전성에 대한 우려를 조성했다.
식중독이란 식품의 섭취로 인해 인체에 유해한 미생물 또는 유독 물질에 의해 발생했거나 발생한 것으로 판단되는 감염성 또는 독소형 질환이다. ‘집단 식중독’이란 2명 이상의 사람이 동일한 식품을 섭취한 것과 관련돼 유사한 식중독 양상을 나타내는 것을 말한다.
감염형 식중독은 전염병에 비해 병을 일으키는 정도가 약하므로, 대량의 세균을 섭취해야 비로소 발병한다.
국내 식중독균 오염에 대한 규제는 HACCP인증을 통해 식품 안전성을 확보하고 있다. HACCP(위해분석 중점관리점, Hazard Analysis and Critical Control System Point)제도는 식품을 제조하는 과정에서 생물학적, 화학적, 물리적 위해요인들이 발생할 수 있는 상황을 과학적으로 분석하고 사전에 차단해 소비자에게 안전하고 깨끗한 제품을 공급하기 위한 시스템이며 식품안전관리체계다.

★ 간염 소시지 파동
영국에서 E형 간염환자가 급증해, 조사한 결과 영국 유통회사가 네덜란드와 독일 등에서 수입한 돼지고기로 자체 제조해 판매한 소시지에 간염 바이러스가 오염되어 있었다. 이에 국내에서도 수입품 소시지를 기피하기 시작했다.
E형 간염이란 E형 간염 바이러스 HEV에 의해 발생되는 간질환으로 간에 염증이 생겨 간세포의 파괴, 간 기능의 저하를 나타내는 질환이다. 감염경로는 A형 간염과 마찬가지로 분변‧구강경로로 전파되며 HEV에 오염된 음식이나 물을 섭취해 발생한다. 1990년대 이후에 나타난 신종 간염으로 일반적으로 급성 간염으로 발병 후 치유되며 만성화되지 않았다. 70℃ 이상의 고온에서 2분 간 가열할 경우 바이러스는 사멸한다.
세계보건기구에 따르면 전세계적으로 약 2000만 명이 감염돼, 약 330만 명의 유증상자가 발생하며, 2015년엔 전세계적으로 약 4만4000여명이 E형 간염으로 사망한 것으로 추정하고 있다.
주로 저개발 국가에서 오염된 식수로 유행하는 경우가 많고, 선진국에서는 산발적으로 발생하고 있다.
우리나라의 경우엔 지금까지 통계가 전무한 상황. 건강보험공단 진료청구자료를 통해 간접적으로 파악한 결과 2014년 79명, 2015년 97명, 2016년에는 106명이 E형 간염 진료를 받은 것으로 추정된다.
멧돼지 담즙과 노루 생고기를 먹고 발병된 사례는 있지만, 가공육에 의한 발병 사례는 아직까지 없는 것으로 나타났다.
국내 가공육은 소시지의 경우 가열공정을 거쳐 생산되는 생산방법을 쓴다. 또 소시지 섭취 시 추가적으로 가열 조리해 섭취하는 식습관을 고려하면, 국내에서 가열처리된 소시지 섭취를 통한 E형 간염 발생 가능성은 극히 낮다고 볼 수 있다.
문제가 된 영국 ‘테스코’ 제품은 국내 유통된 물량이 없고, 식약처는 유럽산 햄, 소시지의 국내 유통 및 판매를 잠정중단하기도 했다.